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塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现微孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
用750g、口径4cm的瓶，也可采用广口瓶或罐头瓶。拌料装瓶主料与辅料等先拌匀，把糖溶于水中而后逐渐加入料中并充分拌匀，每100kg干料加水140?160kg,以手紧握料指缝中有少量水滴下为宜。采用徒手或装瓶机分装，要求松紧适中，直至离瓶口1cm处，压平，中央用捣木打孔至瓶底，洗净瓶口、瓶壁污物，瓶口用牛皮纸包好。灭菌接种常压100兀灭菌，持续8?12h,高压灭菌121兀，保持1.5h。待冷却后，在无菌条件下接入菌种。然后放到培养室，控制温度25兀，室内相对湿度控制在70%以下。培养室内保持黑暗状态，以利菌丝生长。一般经20d发菌培养，当菌丝长至1/2瓶时，可以除去封口纸，搬至于实体发生室。此时控温25兀?28兀，相对湿度增至90%~95%,保持空气清新，增强漫射光。菌盖不断生长，直至四周白色生长圈消失，即停止生长扩大，但仍可继续加厚。子实体形成菌管，弹射出红褐色孢子。
高温烧菌培养室温度太高，杂菌易生长；发菌期菌袋内温度升至32弋以上，没及时疏袋散热，造成烧袋，致使绿霉等杂菌严重感染。培菌时有两个升温关键期，一是菌种萌发覆盖料面后的迅速生长期；二是早春气温迅速升高。高温烧菌后，病害症状没及时表现出来，但由于灵芝菌丝受损严重，芝棒割袋下地后，病害很快爆发。芝棒菌丝体成熟度不足灵芝菌丝体成熟度不足，菌丝体抗性弱，芝棒下地、菌袋剪口后仍易感染杂菌。阳光暴晒菌袋菌袋覆土后，日照强烈，迅速升温，芝棚遮阳度小（甚至没有遮阳），致使菌袋菌丝体被太阳暴晒受损后感染杂菌。芝棒下地后灌水由于是不完全脱袋栽培，芝棒下地后灌水，菌木表面及菌袋内的水份不能很快从袋内蒸发出来，过高的土壤水份会切断段木菌丝的氧气供给，致使芝棒呼吸不畅窒息死亡后感染杂菌。
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